Empezamos señalando que la anchoa y el boquerón provienen de la misma especia de pescado: la Engraulis encrasicolus, conocido como bocarte. Cuando este pescado se consume en fresco suele denominarse bocarte, aunque también anchoa. En el caso de que se elabore en conserva de salazón, se denomina anchoa. Por el contrario, si la elaboración se da con vinagre o aceite, se denomina boquerón.

Como vemos, las principales diferencias existentes entre la anchoa y el boquerón solo se dan en el proceso de elaboración. En el caso del proceso de elaboración de la anchoa, consiste en una vez recibido el bocarte se procede al eviscerado y descabezado. Posteriormente, se introducen en barriles donde se alternan capas de anchoa y capas de sal.

En el caso del boquerón, el bocarte se descabeza, eviscera y se limpia. A continuación, se coloca en baños o tintas de maceración. Esta anchoa se mantiene en maceración en una mezcla de vinagres y agua hasta conseguir el punto deseado de marinado. Para finalizar, los boquerones se envasan y se conservan en aceite.